Fen Bilimleri Enstitüsünün misyonu, Fen ve Mühendislik Dallarında öğrenim gören lisansüstü öğrencilerinin, lisansüstü seviyede yeterli bilgi ve tecrübeye sahip, topluma ve çevreye saygılı bir birey olarak yetiştirilmesini sağlamaktır.
Fen Bilimleri Enstitüsü, Ana Bilim Dalları tarafından oluşturulan kriterlerle yüksek standartlarda öğrenci kabülünü destekler. Disiplinlerarası iletişimi ve eş güdümü sağlayarak, söz konusu programların oluşturulmasını destekler. Ülkemizin sanayisini olumlu yönde etkileyecek ve ülkeye fayda sağlayacak, bilim ve teknoloji politikaları ile ilgili projeleri destekler ve bu konuda yeni programlar açar ya da mevcut programları revize eder.