Fen Bilimleri Enstitüsü, Ana Bilim Dalları tarafından oluşturulan kriterlerle yüksek standartlarda öğrenci kabulünü destekler. Disiplinlerarası iletişimi ve eş güdümü sağlayarak, söz konusu programların oluşturulmasını destekler. Ülkemizin sanayisini olumlu yönde etkileyecek ve ülkeye fayda sağlayacak, bilim ve teknoloji politikaları ile ilgili projeleri destekler ve bu konuda yeni programlar açar ya da mevcut programları revize eder.
Türkiye'nin lisansüstü düzeyde en iyi eğitimi veren ve araştırma olanaklarına sahip üstün nitelikli ve aldığı eğitimin mesleğini ve yaşam kalitesini geliştireceğine inanan öğrenciler tarafından tercih edilen, mezunlarının aldıkları eğitimle alanlarında seçkin bir yere sahip olmasını sağlayan, yürüttüğü eğitim programlarıyla nitelikli bilim insanı yetiştiren, ulusal ve uluslararası düzeydeki araştırmalarını artırarak sürdüren saygın bir kurum olma yönünde çaba sarf eder.